Il Cineca ha scelto lo standard inglese BS 7799:-2:2002 (Information Security Management Systems), quale modello di riferimento per garantire un alto livello di protezione per le informazioni più sensibili e critiche. Il sistema si è poi evoluto con l'adeguamento allo standard internazionale ISO 27001:2005; quest'ultimo recepisce buona parte dei principi e controlli del precedente standard inglese, con l'aggiunta di un importante requisito: la necessità di definire misure di efficacia per tutti i controlli, o gruppi di controlli di sicurezza, adottati dall'organizzazione.
la conformità allo standard garantisce la clientela sul fatto che l'integrità, disponibilità e riservatezza delle informazioni sono tra le priorità del Consorzio; il sistema di gestione implementato consente infatti di prevenire o comunque di ridurre notevolmente i rischi di incidenti di sicurezza grazie anche ad pronta reazione verso qualsiasi nuova minaccia o vulnerabilità.