L’obiettivo dell'interoperabilità tra i due moduli è una integrazione dei rispettivi ambiti funzionali per coprire i diversi aspetti che le attività progettuali vengono ad assumere all'interno dell'ateneo durante il proprio ciclo di vita.
I due moduli coprono ambiti funzionali diversi e insistono su parti specifiche del ciclo di vita della singola attività. In particolare IRIS AP censisce gli aspetti relativi alla natura dell'attività (ad es. aspetti scientifici) e copre le fasi iniziali del processo di finanziamento, mentre UGOV PJ gestisce gli aspetti di budgeting e rendicontazione della fase operativa interagendo direttamente col sistema di contabilità.
Per garantire l'interoperabilità tra i due sistemi viene identificata una entità astratta “Progetto gestionale” che rappresenta il progetto AP giunto al punto del suo ciclo di vita in cui diventa una entità gestionale (ovvero una dimensione contabile). In base a questa rappresentazione, viene creata la corrispettiva istanza di progetto PJ; le due istanze dovranno risultare allineate e saranno oggetto della collaborazione applicativa tra i due moduli per l’intero ciclo di vita.
L’allineamento tra le tassonomie, i dizionari e le anagrafiche utilizzate dai due sistemi viene gestito in fase di configurazione del modulo AP. In fase di definizione dei processi, viene individuato per ciascuna entità lo stato nel quale l'anagrafica relativa al "Progetto gestionale" viene inviata al modulo UGOV PJ. A valle della sincronizzazione tra i due moduli, AP sarà master per l’anagrafica dei progetti creati in IRIS e PJ sarà slave (PJ gestirà in proprio i progetti non originati da AP che non saranno oggetto di sincronizzazione). Gli attributi fondamentali del progetto (codici identificativi, tipologia, date e tutti quelli che definiscano l’identità del progetto) saranno modificabili in AP e rimarranno in sola lettura per gli utenti PJ*.